Hackathon Virtuel Inter-cati 2020
Ce site pointe tous les éléments nécessaires pour participer au hackathon inter-cati du 04/11/2020. Il a aussi pour vocation de pointer des ressources pour faire fonctionner les différents systèmes présentés sur les différentes infrastructures bioinformatique de l'INRAE.
Programme
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9h-9h15 : Introduction (url de connexion : http://genobbb.inrae.fr/b/bio-jtm-nas-s4l)
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9h15 - 12h : Singularity (url de connexion : http://genobbb.inrae.fr/b/bio-jtm-nas-s4l)
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14h-17h : Sessions parallèles
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Nextflow (url de connexion: http://genobbb.inrae.fr/b/bio-ffn-vlt-cyg)
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Snakemake (url de: http://genobbb.inrae.fr/b/bio-9ec-k2a-ddw)
Pré-requis
Pour participer aux différents ateliers vous aurez besoin :
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Connexion ssh
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Pour réaliser les tutoriels snakemake ou nextflow vous devez vous connecter sur les serveurs de la plateforme genotoul. Si vous n'avez pas de compte veuillez faire une demande au support (http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/ask-for/support/) en indiquant "Compte formation pour le hackathon inter-cati"
ssh <mylogin>@genologin.toulouse.inra.fr- Pour réaliser le tutoriel Singularity vous devez avoir un compte sur la forge mia pour pouvoir construire des images singularity ou une machine Linux (basée sur une distribution debian) avec accès en tant que root: soit linux natif ou sur une vm virtualBox: https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads (tuto).
En amont et pendant le hackathon
En amont du hackathon, vous pouvez suivre les tutoriels pointés dans les différentes sections. Durant le hackathon, vous pourrez :
- travailler sur ces tutoriels
- ou bien travailler sur vos propres workflows en autonomie
Nous serons à votre disposition pour répondre à vos questions.
Des "sous-salles" virtuelles pourront être créer pour que vous travailliez en sous groupes sur un sujet.
Contacts /Organisateurs :
N'hésitez pas à nous contacter en cas de problèmes.