-
- Mettre le script R dans le dossier de séquences à renommer
- Lancer la fonction file_rename (lignes 2-5)
- Lancer lignes 7-8
- Une fois que les séquences sont regroupées par projet dans un dossier, setwd("Dossier1")
- Lancer ligne 11
- Pour passer au dossier projet suivant : setwd("../Dossier2")
- Lancer ligne 11
Edited by Bureau Chrystelle -
Pour le calcul des stats avec seqkit, on récupère l'exécutable windows puis :
.\seqkit.exe stats (Get-ChildItem -Filter *.fastq.gz | ForEach-Object { $_.FullName }) --all --basename --tabular --out-file stats.tsv
Please register or sign in to comment